Korneanın saydam kalması için kornea arkasındaki endotel hücrelerinin de yeterli sayıda bulunması ve hücrelerin görevlerini de eksiksiz yapması gereklidir. Speküler mikroskopi korneanın endotel hücrelerinin sayısını belirlememezi sağlayan bir muayene yöntemidir. Ayrıca speküler mikroskopi ile endotel hücrelerinin şekilleri ve büyüklükleri de belirlenir. Göze yapılan bazı cerrahiler ile kornea endotel hücrelerinin bir kısmı hasar görebilir. Speküler mikroskopi ile endotel sayısı az olan riskli hastaların ameliyatlarında bazı tedbirler alınır.
Speküler mikroskop poliklinik şartlarında uygulanabilen temassız, hızlı ve zararsız bir yöntemdir.
Speküler mikroskopi endotel sayısını değerlendirmenin yanı sıra polimegatizm ve pleomorfizm gibi endotel morfolojik değişiklikleri değerlendirmekte de yararlıdır. Korneal krosslink tedavisinin kornea endoteline etkisinin speküler mikroskopiyle değerlendirilmesi özellikle ince kornealı olgularda önem taşımaktadır.